Alături de Soare, influența gravitațională a lui Jupiter a ajutat la modelarea Sistemului Solar. Orbitele majorității planetelor sistemului se află mai aproape de planul orbital al lui Jupiter decât de planul ecuatorial al Soarelui (Mercur este singura planetă care este mai aproape de ecuatorul Soarelui în înclinarea orbitală), Golurile Kirkwood din centura de asteroizi sunt cauzate în mare parte de Jupiter, iar planeta ar fi putut fi responsabilă de Marele bombardament târziu din istoria Sistemului Solar interior.
Aceștia sunt cunoscuți sub numele de asteroizi troieni și sunt împărțiți în „tabere” grecești și troiene pentru a comemora Iliada. Primul dintre aceștia, 588 Ahile, a fost descoperit de Max Wolf în 1906; de atunci au fost descoperite peste două mii. Cel mai mare este 624 Hector. Alături de sateliții săi, câmpul gravitațional al lui Jupiter controlează numeroși asteroizi care s-au instalat în regiunile Punctelor Lagrange și care urmează pe Jupiter pe orbita sa din jurul Soarelui.
Majoritatea cometelor de scurtă durată aparțin familiei Jupiter - definite drept comete cu axe semimajore mai mici decât cele ale lui Jupiter. Cometele familiei Jupiter se consideră că se formează în centura Kuiper în afara orbitei planetei Neptun. În timpul întâlnirilor strânse cu Jupiter orbitele lor sunt perturbate ceea ce a scurtat perioada lor de circulație iar apoi datorită interacțiunii gravitaționale regulate cu Soarele și Jupiter, orbitele au devenit mai circulare.
Datorită magnitudinii masei lui Jupiter, centrul de greutate dintre acesta și Soare se află chiar deasupra suprafeței Soarelui. Jupiter este singurul corp din Sistemul Solar pentru care acest lucru este adevărat.
Jupiter a fost numit aspirator al Sistemului Solar, datorită imensei sale gravitații și a amplasării în apropierea Sistemului Solar interior. S-a crezut că planeta servea pentru a proteja parțial sistemul interior de bombardamentele cometare. Totuși, simulări pe calculator din 2008 sugerează că Jupiter nu provoacă o scădere netă a numărului de comete care trec prin Sistemul Solar interior, deoarece gravitația sa perturbă orbitele lor spre sistemul interior, de câte ori le accelerează sau le evacuează. Acesta primește cele mai frecvente impacturi cu comete și asteroizi. Acest subiect rămâne controversat în rândul oamenilor de știință, deoarece unii consideră că trimite comete din centura Kuiper către Pământ în timp ce alții cred că Jupiter protejează Pământul de presupusul nor Oort. Jupiter experimentează de aproximativ 200 de ori mai multe impacte cu asteroizi și comete decât Pământul.
Un studiu din 1997 asupra desenelor astronomice timpurii sugerează că Giovanni Cassini ar fi putut înregistra urmele impactului unei comete asupra lui Jupiter încă din 1690. Inițial, studiul conținea alte opt observații ca fiind potențiale de impact, pe care Cassini și alții le-au înregistrat între 1664 și 1839, însă ulterior s-a stabilit că probabilitatea ca acesta să fie de la un impact este scăzută sau zero.
Printre descoperirile mai recente se numără următoarele: